1991年华东水灾的真实原因主要归结于东亚大气环流的异常，这导致了梅雨季的异常，具体表现为雨季提前到来、雨势凶猛且持续时间长。这些异常气候条件超出了当时水利工程所能承受的范围，加上华东地区特有的碟形洼地地形和相对封闭的水系，为洪涝灾害的发生创造了自然条件。此外，人为的围湖垦殖和封堵河道活动，以及城市和工矿企业防洪意识的淡薄，也是导致洪涝危害程度加重的重要因素。
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